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Não há recomendação de horário. O cliente pode configurar livremente o momento da execução conforme sua necessidade.
Para mais detalhes sobre a configuração, consulte o TDN: Tela de Configuração

Ao configurar o diretório de geração e o diretório de importação, posso utilizar a mesma pasta?

Não. Ambos os caminhos devem ser diferentes.

Tenho a configuração em duas empresas diferentes. Posso mapear as mesmas pastas de geração e importação para ambas?

Não. As configurações de pastas devem ser distintas para cada empresa.