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De acordo com a Orientação de Preenchimento da NF-e - versão 2.02 (leiaute NF-e 3.10) – 04/02/2015, a partir da página 10, é informado que a Nota Fiscal Complementar é emitida para acrescentar DADOS e VALORES antes não informados no documento fiscal original, observando as definições da Legislação.

Na letra A) Identificação da Nota Fiscal eletrônica, item 2:
"Os dados de identificação do documento fiscal original, que está sendo complementado, deverão ser informados na NF-e Complementar na aba “Informação de Documentos Fiscais referenciados”. A chave de acesso deverá ser informada quando a nota fiscal original for NFe."

Estas informações estão contidas no XML gerado pela rotina 1306. 
O motivo de não autorizar a mudança deste CFOP na NF Complementar da rotina 1306 deve-se tanto à estas alíneas quanto à premissa que, caso se queira alterar o CFOP de uma nota, há a Carta de Correção ou até mesmo o cancelamento ou devolução desta operação para emissão correta dos dados.

Apesar de gerar a NF Complementar com o mesmo CFOP da venda, que não pode ser alterado, a 'tag' <finNFE>, do XML, irá gravada = '2', ou seja, indicará que esta não é uma nota de Venda e sim uma NF Complementar, conforme diz a orientação:

A) Identificação da Nota Fiscal eletrônica:
"1. Informar a finalidade da emissão = “NF-e Complementar."
Ver página 9(rodapé) e página 10(quadro, topo).

Isso discrimina sua a nota como sendo uma nota complementarComplementar, bem como nos Livros Fiscais, ela terá esta discriminação. Não é necessário enviar Carta de Correção para esta natureza de operação.
Para que esta a NF Complementar seja emitida corretamente, somente com a discriminação de impostos, ao selecionar o item, o campo "Valor Item", da rotina 1306 deve ser zerado.