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A Sefaz trata Nota Fiscal Complementar e Carta de Correção de maneiras diferentes. De acordo com a Orientação de Preenchimento da NF-e, versão 2.02 (leiaute NF-e 3.10) – - 04/02/2015, a partir da página 10, é informado afirma que a Nota Fiscal Complementar é emitida para acrescentar DADOS dados e VALORES valores antes não informados no documento fiscal original, observando as seguintes definições da Legislação.Na letra

A) Identificação da Nota Fiscal eletrônica, item 2:
"Os dados de identificação do documento fiscal original, que está sendo complementado, deverão ser informados na NF-e Complementar na aba “Informação de Documentos Fiscais referenciados”. A chave de acesso deverá ser informada quando a nota fiscal original for NFe".

 "

Estas informações estão contidas no XML gerado pela na rotina 1306 - Simples Remessa. 
O motivo de não autorizar a mudança deste do CFOP na NF Complementar da na rotina 1306 deve-se tanto à estas alíneas quanto à  ocorre não somente segundo a Orientação de Preenchimento da NF-e, mas também a premissa que, caso se queira deseje alterar o CFOP de uma da nota, há a Carta de Correção ou até mesmo o cancelamento ou devolução desta operação para a emissão correta dos dados.

Apesar de gerar a NF Complementar com o mesmo CFOP da venda, que não pode ser alterado, a 'tag' <finNFE>, do XML, irá gravada = '2'no XML será gravada o número 2, ou seja, indicará que esta não é uma nota de Venda e sim uma NF Complementar, conforme diz a orientação na página 9 e 10:

A) Identificação da Nota Fiscal eletrônica:
"1. Informar a finalidade da emissão = “NF-e Complementar

...

"

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Isso discrimina faz a nota como sendo uma Complementar, bem como ser complementar, além de nos Livros Fiscais . Não é não ser necessário enviar a Carta de Correção para esta operação.
 Para que a NF Complementar seja emitida corretamente , somente com a discriminação de impostos, na rotina 1306 ao selecionar o item, o campo "Valor Item", da rotina 1306 deve  deve ser zerado.