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Ao final do período de apuração definido por lei, o contribuinte do ISS deve apurar o imposto devido por ele sobre operações próprias e também os valores que foram retidos por fornecedores e recolher os valores ao município.
Por ser um tributo de âmbito municipal é importante que os cadastros de todos os participantes envolvidos em todas as operações estejam devidamente preenchidos, principalmente o município.
Para as empresas do ramo de Construção Civil devem ser informados todos os projetos da empresa, com endereço da obra, informações do cliente e alíquota do ISS.
O cadastro de projeto estará disponível para as empresas em que o parâmetro "emite livro de construção civil" esteja marcado. Nesses casos também é possível fazer o controle de dedução e subempreiteiras no cálculo do ISS, quando autorizado pela prefeitura
O Tributo ISS deve ser inserido na pasta "outros tributos" do lançamento Fiscal e, para a correta apuração, são necessárias algumas informações:

• Tributo com a Sigla ISS
• Tipo de recolhimento
• Base de cálculo, Alíquota e valor  do Imposto
• Município para qual o imposto é devido

Com relação ao tipo de recolhimento estarão disponíveis os seguintes tipos:

• Devido
• Retido na Fonte
• Retido na Fonte Deduzido
• Depósito Juízo
• ISS Isento

A apuração é realizada, individualmente, por filial. Influenciam nessa apuração toda a escrituração fiscal e os lançamentos de ajustes gerados através de lançamentos de outros débitos/créditos.
O resultado a apuração do ISS é registrado no Período de Apuração. Ao final do período, após realizar as conferências e encerrar o período, o sistema calculará o valor devido ou o saldo credor a ser transportado para o período subsequente. O sistema totaliza as operações de entrada/saída por alíquota e município onde o serviço foi prestado.A geração das Guias ISSQN estará disponível para o tributo ISS. Estas Guias serão geradas de seguinte forma:

• Agrupadas por alíquota que o contribuinte possuir débito. O sistema irá separar ISS Devido na Saída do ISS Retido na Entrada.
• São geradas também as guias referentes ao depósito Judicial. Estas Guias são agrupadas por município que foi efetuado o depósito, independente da alíquota. Neste caso NÃO é preenchido o campo de alíquota na tela desta guia
• Para cada nota do período de apuração se o parâmetro "Gerar  ISS por Nota Fiscal" na etapa 3 – Apuração do ISS no processo 03.02.03 – Apuração do ISS – Parâmetros por filial estiver marcado. Neste caso a separação por alíquota continuará sendo feita.
• Uma guia para cada município dos itens dos lançamentos se o parâmetro "Usa Município de Prestação de Serviço no Item do Lançamento", na etapa 2 - Regras de apuração do ISS – Construção Civil. Neste caso a separação por alíquota continuará sendo feita. Este parâmetro pode ser utilizado juntamente com o parâmetro para gerar guia de ISS por Nota Fiscal.

Seleção de Lançamentos

A seleção dos Lançamentos Fiscais de Entrada e Saída obedece aos parâmetros informados em Opções | Parâmetros | Gerais/Tabelas, no processo "03.02.03 – Apuração de Tributos ISS", item "Apuração ISS por Filial", etapa "Datas Apuração do ISS". Os parâmetros são:

• Lançamento de Entrada: Corresponde a data a ser utilizada para seleção de Lançamentos de Entrada;
• Lançamento de Saída – Entidade Privada: Corresponde a data a ser utilizada para seleção de Lançamentos de Saída – Participante entidade privada;

• Lançamento de Saída – Entidade Pública: Corresponde a data a ser utilizada para seleção de Lançamentos de Saída – Participante entidade pública;

Cada um desses parâmetros poderá receber qualquer dos três valores determinados abaixo:

• Data de Emissão;
• Data de Entrada/Saída;
• Data de Pagamento/Vencimento.

Caso seja selecionada a terceira opção (Data de Pagamento/Vencimento) o sistema se comportará da seguinte forma:

• Se existir integração com o Financeiro, serão selecionados os Lançamentos Fiscais de acordo com a Data de Baixa do Lançamento Financeiro vinculado, entrando na seleção somente os Lançamentos Fiscais cujo Lançamento Financeiro associado esteja baixado e será considerada a data da primeira baixa;
• Se não existir integração com o Financeiro, serão selecionados os Lançamentos Fiscais de acordo com a Data de Vencimento, existente na aba "Dados Financeiros" do Lançamento Fiscal.

Lançamentos Fiscais de Entrada

A Legislação dos municípios para a seleção dos Lançamentos Fiscais de entrada é divergente. Algumas rezam que a declaração deve ser feita pela data de emissão do Documento Fiscal e outras rezam que a declaração deve ser feita pela data de pagamento do Serviço.

Lançamentos Fiscais de Saída

A seleção dos Lançamentos Fiscais de saída deve ser feita, em sua grande maioria, pela data de Emissão do documento fiscal, porém, no município de Belo Horizonte existe uma exceção: quando o destinatário da operação for um Órgão da Administração Pública a seleção deve ser feita com base na data de pagamento do serviço;

Consistências na Inclusão/Alteração de Lançamentos Fiscais

A consistência realizada na Inclusão/Alteração de Lançamentos Fiscais que possuam ISS foi feita de acordo com as Datas definidas nos parâmetros criados, mas, será verificado apenas o parâmetro de entrada de lançamentos, obedecendo à parametrização pré-definida.

Consistência na Apuração do ISS

Ao encerrar o período de apuração, também serão consistidos os parâmetros de seleção para a apuração do imposto, ou seja, somente serão apurados os lançamentos que obedeceram à parametrização.