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Em algumas situações de erros no acesso a arquivos Ctree na inicialização do sistema, pode ser necessário efetuar uma limpeza do ambiente Ctree.  Neste caso, proceder da seguinte forma:

- Parar todo o ambiente do Protheus, servidores do Protheus (Master Balance e Slave´s), Licenses e WorkFlow (caso esteja separado);

- Parar o serviço do Ctree Server  serviço do CtreeServer (se estiver usando CtreeServer);

- Apagar os arquivos de índices (*.CDX, .IDX e *.IND) do Protheus existentes que estão na pasta SYSTEM;

- Apagar o conteúdo da pasta CTREEINTPROFILE, localizada na pasta SYSTEM - Apagar os arquivos de índices (*.CDX) do Protheus que estão na pasta PROFILE localizada na pasta PROTHEUS_DATAe na pasta PROTHEUS_DATA;

- Apagar o conteúdo da pasta CTREEINT, localizada na pasta PROFILESYSTEM e na pasta  PROTHEUS_DATA;

- Se estiver usando CtreeServer: Apagar da pasta onde está instalado o CtreeServer todos arquivos com extensão *.FCS (idealmente, antes fazer um backup dos mesmos para futura análise caso necessário)

- Subir o CtreeServer (se estiver usando CtreeServer);

- Subir pelo menos um serviço do Protheus caso exista balance;

- Efetuar acesso stand-alone (apenas um client) no sistema para que sejam criados os índices e assim evitar concorrência no sistema. Caso existam mais empresas, deve-se entrar uma por uma para a criação dos índices. Pode-se utilizar o Módulo do Configurador para a criação dos índices pois este não carrega tabelas do banco e assim será mais rápida a liberação para o sistema

- Após a criação de todos os índices de todas as empresas, sair do Protheus.

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- Subir os serviços dos Protheus e liberar acesso ao usuários.