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A diferença pode ocorrer porque o valor da parte empresa é truncado quando o parâmetro "Trunca valores de FGTS/INSS" está ativado. Esse parâmetro pode ser encontrado no menu:
Configurações | Parametrizador | Encargos Sociais.

11.  Na Quando na geração do lançamento financeiro, o sistema está realizando o rateio de 50% para a seção centralizadora e 50% para a seção do funcionário. No entanto, o comportamento correto é que o valor seja rateado integralmente apenas para a seção do funcionário.

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Com esse parâmetro desmarcado, o lançamento foi será gerado corretamente, utilizando apenas o centro de custo da seção do funcionário.

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