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Os eventos que controlam o timeout do Smartclient são disparados pela navegação entre componentes AdvPL (Tab/Enter), quando o cliente esta usando WebEngine(<Iframe/>) não existe essa navegação. 

Para contornar esse situação, as configurações abaixo devem ser seguidas.

Por questões de segurança o browser não permite acessar um <iframe> com origem diferente usando JavaScript e isso seria uma falha de segurança, como por exemplo uma técnica maliciosa Clickjacking.

Para a Same-origin_policy, os navegadores bloqueiam scripts que tentam acessar um <iframe/> com uma origem diferente.

A origem é considerada diferente se pelo menos uma das seguintes partes do endereço não for mantida protocol://hostname:port/...

O protocolo, o nome do host e a porta devem ser os mesmos.