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Os eventos que controlam o timeout do Smartclient são disparados pela navegação entre componentes AdvPL (Tab/Enter), quando o cliente esta usando WebEngine(<Iframe/>) não existe essa navegação. 

Para contornar esse situação, as configurações abaixo devem ser seguidas.

Por No SmartClient HTML o TWebEngine é um <Iframe/> e por questões de segurança o browser não permite acessar um <iframe> iframe com origem diferente usando JavaScript e , isso seria uma falha de segurança , e como por exemplo uma técnica maliciosa Clickjacking.Para a Same-origin_policy, os navegadores bloqueiam scripts que tentam acessar um <iframe/> com uma origem diferente 

Os eventos que controlam o timeout do Smartclient são disparados pela navegação entre componentes AdvPL (Tab/Enter), porém ao utilizar o componente TWebEngine só será possível capturar esses eventos evitando o InactiveTimout se o protocolo, nome do host e a porta forem da origem.

A origem é considerada diferente se pelo menos uma das seguintes partes do endereço não for mantida:  protocol://hostname:port/...

O protocolo, o nome do host e a porta devem ser os mesmos.