Conforme instrução do site da rais (http://www.rais.gov.br/RAIS_SITIO/retificacaoprazo_1.asp) deve ser gerado somente o funcionário com o problema (funcionário a ser retificado).
Os programas RHU5302 e RHU6590 não estão prevendo gerar o arquivo somente de um funcionário, ou seja, por matrícula.
Como solução de contorno, deverá alterar o arquivo manualmente, excluido os funcionários que não devem ser informados.
Esta situação de geração de dados por matricula será verificada na RAIS 2012.