As rubricas correspondentes ao banco de horas, devem ser informativas conforme a orientação do Manual de Orientação do eSocial 2.4 (Março 2018) pág. 66:

No Chronus:
No Labore:
Essas verbas serão levadas nos eventos periódicos(S-1200). O valor retornado pelo Chronus será informado no campo de horas no envelope do Labore. Ficará ao critério da empresa a informação a ser levada no campo valor pois no eSocial não é possível enviar uma rubrica no S-1200 com valor zerado conforme o leiaute.
Para as outras rubricas questionadas, continuará a realizar o processo natural de quando realiza compensação do banco de horas para pagamento/desconto do funcionário e informa-las nos devidos eventos associados do Labore.