No momento da inclusão do boleto em um lançamento financeiro gerado pelo processo de Contrato Corporativo, é possível marcar a opção para que este boleto seja registrado online. 

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Marque uma das opções apresentadas

Marque a opção da checkbox "Registrar Online o Boleto"

Nesta tela, se necessário preencha as informações conforme instruções do Banco (Por exemplo o campo "espécie CNAB"). Em seguida, clique em avançar:

Clique em Executar