O código do dispositivo é gerado pelo próprio Sistema operacional do dispositivo móvel. Desta forma quando é efetuado marcação a primeira vez no dispositivo as marcações são enviadas para o Clock-in considerando o código do dispositivo gerado.

Porém identificamos casos onde esse código é alterado pelo próprio SO do dispositivo sob algumas condições. 

Como o IMEI é o mesmo código significa que é o mesmo dispositivo e o próprio sistema operacional gerou um novo código para o device devido a alguma reinstalação  do aplicativo após uma atualização de versão para manter os valores da desinstalação rastreáveis.ou até um reset realizado de fábrica 
Então acreditamos que houve algum processo nesse sentido que mudou o código do dispositivo. Segue abaixo documentações do Android caso queiram avaliar:
https://developer.android.com/reference/android/provider/Settings.Secure.html#ANDROID_ID

https://developer.android.com/about/versions/oreo/android-8.0-changes#privacy-all

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