Histórico da Página

...

No campo, deverá ser informado um código numérico 12 dígitos com valores válidos de 0 a 9. Note que o código só é obrigatório para o Emissor do Conhecimento de Frete.

O Código de Identificação da Operação de Transporte (CIOT) está vinculado ao pagamento realizado ao transportador autônomo, e não ao modo de entrega da mercadoria. A partir desta premissa, entendo que nos casos mencionados o tratamento a ser realizado deve ser o seguinte:

Reentrega:

No caso se houver a troca de prestadores, sendo o novo contratado também um prestador autônomo, o CT-e  deverá ser substituído, já que deverá ocorrer um novo pagamento para este prestador e, baseado nos procedimentos a serem executados pela administradora de pagamentos, será gerado um novo CIOT.

Transferência de mercadorias entre filiais da transportadora.

Aqui, cabe uma ressalva:

Se o transportador é autônomo ele não tem filial, pois o conceito de transportador autônomo é, de acordo com o artigo 2º, inciso I da LEI Nº 11.442, DE 5 DE JANEIRO DE 2007:

Art. 2o A atividade econômica de que trata o art. 1o desta Lei é de natureza comercial, exercida por pessoa física ou jurídica em regime de livre concorrência, e depende de prévia inscrição do interessado em sua exploração no Registro Nacional de Transportadores Rodoviários de Cargas - RNTR-C da Agência Nacional de Transportes Terrestres - ANTT, nas seguintes categorias:

I - Transportador Autônomo de Cargas - TAC, pessoa física que tenha no transporte rodoviário de cargas a sua atividade profissional;

Desta forma, vale lembrar a regra do CIOT:

Só haverá emissão deste código na contratação de transportador autônomo pelo tomador, no momento que este fizer contato com a administradora de pagamentos que será responsável por gerar o CIOT.

Quando a transportadora não for autônoma, não haverá Código de Identificação de Operação de Transporte - CIOT , pois este código só será gerado para o tomador de serviços, quando este contatar a administradora de pagamentos para a realização do pagamento do transportador autônomo - TAC - contratado pelo tomador. Então, transferências entre filiais de uma mesma transportadora, não entraria nesta regra. 

FONTE:

http://www.guiadotrc.com.br/leidociot/default.asp

...