Produto:

1147-Manutenção de inventário rotativo, 1185-Montar inventario por lote, 6107-Manutenção de Inventário Rotativo , 1731-Montagem e manutenção de inventários e 1737-Atualizar estoque geral

Passo a passo:

Os processos de inventário das rotinas 1147, 1185, 6107, 1731 e 1737 realizam somente a atualização Gerencial, na quantidade Gerencial de acordo com as entradas e saídas de Inventário.
O processo da rotina 1188-Atualização contábil de inventários irá atualizar somente a quantidade que entrou ou saiu referente a contagem Gerencial, sendo assim, realizará a entrada ou saída Contábil.  

Importante:
O processo de inventário não iguala estoques! A atualização será somente de acordo com as quantidades contadas.

Então, antes do processo de inventário é preciso verificar e se necessário, ajustar o estoque para que no momento do inventário, ambos estoques estejam corretos. Neste caso, essa apuração deve ser realiza conforme a instrução contida no link:

http://tdn.totvs.com/pages/viewpage.action?pageId=80970485