De acordo com o manual de integração do contribuinte, as legislações específicas de cada Unidade da Federação e os vários Ajustes SINIEF as várias modalidades de emissão da NF-e são detalhadas:
Em condições normais o contribuinte emite a NF-e para sua SEFAZ do origem. Em caso de falha no processo de autorização da NF-e ou no ambiente  o contribuinte poderá alterar livremente a modalidade de operação que está utilizando e escolher a que for mais conveniente. Atualmente existem seis tipos de modalidade de emissão conforme descrito a seguir:

Normal: O processo de emissão normal é a situação desejada e mais adequada para o emissor, pois é a situação em que todos os recursos necessários para a emissão da NF-e estão operacionais e a autorização de uso é concedida normalmente pela SEFAZ. Nesta situação a emissão é a realizada normalmente com a impressão do DANFE em papel comum, após o recebimento da autorização de uso.

Contingência OffLine: Também conhecida como Contingência em Formulário de Segurança - FS", Sendo identificada a existência de qualquer incidente que prejudique ou impossibilite a transmissão das NF-e e/ou obtenção da autorização de uso da SEFAZ, a empresa poderá adotar essa Contingência. Nesta situação a emissão das NF-e é realizada normalmente com a impressão do DANFE em formulário de segurança. Sanado o problema que impedia a transmissão da NF-e esta deve ser transmitida para a SEFAZ em modo Normal.

EPEC: Uma das contingências previstas no modelo do sistema da NF-e é a possibilidade de autorização de uma Declaração Prévia de Emissão em Contingência (DPEC), contendo dados reduzidos da NF-e. A autorização da DPEC permite a emissão do DANFE em papel comum, considerando-se emitida a NF-e a partir do momento da impressão deste DANFE, sob condição de posterior transmissão da NF-e para a SEFAZ de origem do contribuinte.

Contingência Offline FS-DA: Sendo identificada a existência de qualquer incidente que prejudique ou impossibilite a transmissão das NF-e e/ou obtenção da autorização de uso da SEFAZ, a empesa poderá adotar este tipo de contingência. Nesta situação a emissão das NF-e é realizada normalmente com a impressão do DANFE em Formulário de Segurança para impressão de Documento Auxiliar de Documento Fiscal - FS-DA e substitui a contingência com o uso do formulário de segurança.

SVC - AN: O ambiente de autorização SVC, SEFAZ Virtual de Contingência, poderá assumir a recepção e autorização de uma outra unidade da federação quando solicitado pela SEFAZ de origem. Nesta situação a emissão das NF-e é realizada normalmente com a impressão do DANFE em papel comum, após o recebimento da autorização de uso da NF-e.

SCV - RS: O ambiente de autoriza da SVC, SEFAZ Virtual de Contingência, poderá assumir a recepção e autorização das NF-e de uma outra unidade da federação, quando solicitado pela SEFAZ de origem. Nesta situação a emissão da NF-e é realizada normalmente com a impressão do DANFE em papel comum, após o recebimento da autorização de uso da NF-e.
A mudança da modalidade de emissão é  feita através da visão das NF-e através do botão Processos | Alterar Modalidade de Operação.  Os parâmetros deste processo são a Filial, a Modalidade e o Motivo. Para todas as modalidades, com exceção da Normal, o campo Motivo é obrigatório.
Para a mudança de modalidade, se a integração do processo da NF-e é feita pelo TSS, o mesmo deve estar em execução.