Sim, é permitido, desde que haja sucessão legal entre os entes, como ocorre nos casos de cisão, fusão ou incorporação, mesmo quando se trata de pessoas físicas inscritas sob CPF/CAEPF.

A legislação não limita esse procedimento apenas para CNPJs. O conceito de sucessão trabalhista aplica-se a qualquer tipo de inscrição — seja CNPJ, CEI ou CAEPF — desde que se configure a continuidade da atividade econômica e a manutenção dos contratos de trabalho.

DECRETO-LEI Nº 5.452, DE 1º DE MAIO DE 1943

(...)

Art. 448 - A mudança na propriedade ou na estrutura jurídica da empresa não afetará os contratos de trabalho dos respectivos empregados.

Art. 448-A.  Caracterizada a sucessão empresarial ou de empregadores prevista nos arts. 10 e 448 desta Consolidação, as obrigações trabalhistas, inclusive as contraídas à época em que os empregados trabalhavam para a empresa sucedida, são de responsabilidade do sucessor.                    (Incluído pela Lei nº 13.467, de 2017)

Parágrafo único.  A empresa sucedida responderá solidariamente com a sucessora quando ficar comprovada fraude na transferência.        

(...)

Como se trata de CAEPFs diferentes, o eSocial interpreta como mudança de vínculo empregatício, ou seja, o encerramento de um vínculo e início de outro.

Assim, deve-se proceder da seguinte forma:

• Empresa de origem (CAEPF original): Enviar o evento S-2299 (Desligamento) do empregado com o motivo 13 – Transferência de empregado de empresa ou consórcio, para outra empresa ou consórcio que tenha assumido os encargos trabalhistas por motivo de sucessão (fusão, cisão ou incorporação), sem que tenha havido rescisão do contrato de trabalho.
• Empresa de destino (novo CAEPF): Enviar um novo evento S-2200 (Admissão) com data de admissão no dia seguinte ao desligamento, mantendo a continuidade contratual (sem novo exame admissional, por exemplo), e informando no campo de observações a condição de sucessão.